Zakon o revidiranju Agenciji nalaga odgovornost za sodelovanje s sorodnimi organi držav članic oziroma z organi v nadzornem delovanju na ravni Evropske unije in s tretjimi državami po načelu vzajemnosti.
Pomembnejša organa na ravni Evropske unije s katerima sodeluje Agencija sta CEAOB (Committee of European Auditing Oversight Bodies) ter IFIAR (The International Forum of Independent Audit Regulators).